Kematian para presiden menyebabkan lebih banyak konflik etnis di kedua negara, terutama di Rwanda. Pada Juni 1994, militer Rwanda dibantu oleh warga sipil Hutu telah membantai sedikitnya 800 ribu orang Tutsi dan orang Hutu moderat. Setelah kemenangan Front Patriotik Rwanda Tutsi menguasai Kigali pada Juli tahun 1994, dua juta orang Hutu melarikan diri ke negara tetangga Zaire yang kini adalah Republik Demokratik Kongo.
Banyak yang terlalu takut akan retribusi untuk kembali terlepas dari pembentukan pemerintahan multi-etnis dengan Hutu sebagai presiden. Pada 1995, pengadilan internasional yang ditunjuk PBB mulai mengadili beberapa orang di belakang kekejaman di Rwanda. Tetapi pada akhir 2001 pengadilan telah menghakimi hanya sembilan kasus, menjatuhkan delapan hukuman, dan satu pembebasan.***
